抗生物質について、淡路島牛乳は、受け入れる原料乳を毎回厳密に検査しています。
酪農家が抗生物質を使用するのは、主に乳牛の乳房炎の治療などですが、薬剤は青色に着色してあり、使用後は牛乳が青く染まるので目視でわかります。薬剤を使用した牛から生産された生乳は出荷できません。 また、酪農組合などの集乳所、牛乳工場では毎日厳しい受け入れ検査を行なっています。抗生物質は乳牛に直接投与するものなので、投与を中止してから一定期間経過しなければ出荷してはならないと決められています。また、その後も検査をし安全が確認されたうえで出荷しています。農薬については、乳業会社や都道府県が検査しています。また、乳牛の飼料中の農薬についても、国の基準にあっているかどうか厳しくチェックされています。ポジティブリスト制度による自主的なモニタリングも定期的に実施しています。