低温殺菌も高温殺菌も成分の差はほとんどありませんが、風味と保存性が多少異なります。低温殺菌牛乳は超高温殺菌牛乳(UHT殺菌牛乳)に比べて、生乳の風味に近く、ホエーたんぱく質(熱により変性するたんぱく質)やカルシウムの変性度も少ない事が知られています。しかし、これらの変化は栄養価の変化とは関係なく、牛乳本来に備わっている高たんぱく、高ビタミンの栄養価や高いカルシウムの吸収性は損なわれません。
UHT殺菌により、ホエーたんぱく質が熱変性しますが、これは生卵をゆで卵にするのと同じで栄養価は変化しません。